PhD student: Dimitri Kalenitchenko, Thesis director: Galand Pierre
Thesis defended the 18th of september 2015


When wood sinks to the deep-sea floor it creates a new ecosystem that does not depend directly on energy from sunlight. This ecosystem is called chemosynthetic because of the presence of a fauna associated with symbiotic bacteria that can assimilate inorganic carbon from seawater. Furthermore this system is colonized by specialized fauna that use symbiotic bacteria to digest the wood matrix. Previous studies mostly focused on these symbiotic macroorganisms and the role played by non-symbiotic microorganisms in the sunken wood ecosystem remains unknown. We demonstrate in this thesis the important role played by non symbiotic microorganisms during the sunken wood ecosystem establishment. We reveal the ecological succession of microorganisms driven by time and wood structure. The first step of this succession is characterized by a microbial population able to produce hydrogen sulfide after one month of immersion. This hydrogen sulfide production is the basis for (1) a chemolithoautotroph biofilm development on the wood surface and (2) a recruitment of species associated with chemoautotrophic bacteria. Our results suggest a succession of different phases that transform a terrigeneous substrate into an environment that may have helped, million years ago, the colonization of the deep sea by chemosynthetic species.
PhD student: Sabrina LucasThesis director : Katell Guizien
Thesis defended the 5th of december 2013

  • In shallow environments, frequent unsteady flows such as tides, waves or wind-driven currents modulate the diffusive boundary layer thickness that controls the exchange of electron acceptors for mineralization and oxidation processes in surficial sediment. An oscillating grid mesocosm was developed in order to study organic matter degradation under controlled unsteady turbulence. The ability of this oscillating grid mesocosm is to (1) produce homogenous control of diffusive flux at sediment-water interface of 36 sediment cores with an oscillating grid ; (2) simulate diffusive boundary layer thickness dynamics at different time scales by easy control of turbulence intensity and (3) study transient oxygen dynamics along organic matter mineralization under unsteady diffusive boundary layer thickness. Two experiments of organic matter degradation were investigated under different hydro- dynamics : firstly, an experiment (protein enrichment) simulating a mortaly of consumers in a closed system (i. E. Lagoon) with a progressive sediment reoxygenation by short turbulences and secondly, an experiment (carbohydrates enrichment) simulating a terrestrial vegetal input in an open system under waves (i. E. Coastal zone), with 4 daily periods of high turbulence. During these experiments, oxygen, organic matter and biotic (microfauna and meiofauna) dynamics were measured. Moreover, these experiments were investigated to study experimentally organic matter and microbial population dynamics under different oxygen transients to complete early diagenesis model under unsteady flows. For each experiment, total sedimentary oxygen demande was oscillated with time, depth and oxygen supply. Oxygen global affinity and oxygen specific affinity were calculated and show that sedimentary oxygen demand reflects aerobic microbial community dynamics in carbohydrates enrichment experiment. To conclude, oscillating grid mesocosm is a promising tool to carry out benchmark expe- riments to investigate the coupling between microbial community dynamics and hydrodynamic fluctuations, which occurs in coastal waters with different periods and intensities (tides, waves, seiches)

 
 
PhD student: Sarah Nahon, Thesis director: François CharlesThesis adjunc director : Audrey Pruski
Thesis defended the 18th of december 2009

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Dans le contexte général du changement global et du développement durable, il apparaît indispensable d’apprécier le risque qu’encourent les écosystèmes côtiers sous l’effet d’une augmentation du flux des radiations UVB. Le rôle que jouent les radiations UV dans le fonctionnement de la biosphère est relativement complexe. A l’intérieur de la gamme spectrale du rayonnement UV atteignant la surface terrestre, les UVB sont les radiations les plus énergétiques et donc les plus préjudiciables pour les systèmes biologiques. Très peu d’études se sont intéressées aux effets des radiations UV sur la composante benthique des écosystèmes côtiers et ceci alors même que la lumière est un facteur important de structuration des communautés benthiques. Le mode de reproduction de la plupart des invertébrés benthiques conduit les gamètes, les embryons et les larves à être directement exposés à des doses d’irradiation auxquelles les populations d’adultes ne sont pas soumises. D’autre part, quelque soit le stade de développement, les invertébrés benthiques dépendent de sources de nourriture dont la composition biochimique est susceptible d’être affectée par les UV.

L’objectif général de cette thèse est de contribuer à la caractérisation et à la quantification des effets du rayonnement UV sur les invertébrés benthiques de Méditerranée en tenant compte du cycle de vie des organismes et de la complexité de l’action du rayonnement UV à l’échelle de la molécule, de la cellule, de l’organisme et de la communauté.

La première partie de cette thèse est consacrée à l’étude de l’impact direct du rayonnement UV sur la reproduction et le développement précoce des invertébrés benthiques à cycle de vie bentho-pélagique. L’oursin, S. granularis, est utilisé comme modèle d’étude pour (1) déterminer la sensibilité des spermatozoïdes, des ovocytes et des embryons exposés à des doses UVB réalistes d’un point de vue environnemental, (2) établir une relation entre le degré d’intégrité de l’ADN nucléaire des gamètes et le succès de la reproduction et (3) observer les effets des radiations UV sur l’ultrastructure des spermatozoïdes. Sous l’effet du rayonnement UV, le taux de fertilité des spermatozoïdes diminue tandis que les ovocytes conservent leur capacité à être fécondés. L’exposition des gamètes engendre un retard de la segmentation des oeufs et peu d’embryons atteignent le stade pluteus. L’intégrité de l’ADN nucléaire des spermatozoïdes et des ovocytes a été évaluée à l’aide du test des Comètes. Le test montre que la génotoxicité des UV dépend de la dose et de l’espèce considérée. L’examen en microscopie électronique à transmission des spermatozoïdes indiquent que des doses relativement modérées de radiations UVB peuvent entraîner une altération de l’acrosome, de la membrane plasmique et des mitochondries. Ces résultats suggèrent que S. granularis serait une espèce plus sensible au stress UV que P. lividus et A. lixula, deux autres espèces d’oursins vivant dans des environnements moins profonds.

La seconde partie de la thèse est consacrée aux effets et aux conséquences du rayonnement UV sur les interactions trophiques. Il s’agit (1) de décrire et quantifier l’impact du stress radiatif UV sur la valeur nutritionnelle du phytoplancton, (2) de déterminer les conséquences de cette modification sur le développement de juvéniles de l’annélide polychète E. nebulosa et (3) de mettre en évidence l’importance des interactions trophiques dans la stratégie de protection des invertébrés qui composent les communautés benthiques du médiolittoral catalan. Les radiations UV affectent le métabolisme et la physiologie de la diatomée pélagique S. costatum. La réduction de la teneur en acides gras polyinsaturés C20:5ω3 et C22:6ω3 rend compte d’une baisse de la valeur nutritionnelle de l’algue qui se traduit par la diminution de la croissance et du développement des juvéniles d’E. nebulosa. A l’exception des oursins, tous les invertébrés benthiques collectés dans le milieu contiennent des quantités importantes de substances de protection passive (i.e., acides aminés de type mycosporine, MAAs). Ces molécules, synthétisées uniquement par les organismes autotrophes, sont transférées vers les invertébrés via les processus de nutrition ou de symbiose. Les animaux possèdent une diversité de MAAs plus grande que celle de leurs sources de nourriture, ce qui suggère l’existence de voies de conversion métabolique secondaire dans les tissus des animaux. L’absence de MAAs dans les oursins explique en partie la sensibilité de leurs ovocytes et de leurs embryons au rayonnement UV. Ils semblent que les oursins privilégient d’autres stratégies pour se protéger des effets des UV.

Mots clés : radiation UV; écosystème méditerranéen; invertébrés benthiques; embryotoxicité; test des Comètes; valeur nutritionnelle; molécules photoprotectrices; réseau trophique.


PhD student: Charlotte MoritzThesis director: Jean-Marc GuariniThesis adjunc director : Katell Guizien
Thesis defended the 14th of june 2010

The main objective of this work is to understand distribution patterns and coexistence of benthic species in marine ecosystems using a metacommunity approach. Metacommunity frameworks explicitly couple local and regional dynamics to disentangle their respective influence both on the abundance of the populations and on the global structure of the communities. They seem to be relevant to the case of the benthic fauna since benthic stages (i.e. juveniles and adults) have their own local dynamics, and since the pelagic stage (i.e. larvae) ensure dispersal at the regional scale. The design of a benthic invertebrate metacommunity model and the exploration of its properties highlighted the importance of local interactions and dispersal of larvae on the coexistence of species. Results underlined that dispersal increases local diversity while local interactions between individuals (inter- and intraspecific) are primordial to maintain populations at intermediate levels of abundance. Theoretical patterns were then compared to empirical patterns of the group of Annelid polychaetes in the Gulf of Lions (North Western Mediterranean Sea, France), using spatial data of species abundance, in order to identify the main deterministic factors leading to their observed diversity in this area. Results suggested that meso-scale hydrodynamics is a potential factor influencing the distribution of populations at local scale, creating a structured network of import and export areas. Finally, an extended data analysis was achieved for several polychaete metacommunities sampled in other regions of the Southern European Seas (Mediterranean and Black Seas). Inferences performed on the rank-abundance relationships suggest that the global distribution of polychaetes species cannot be attributed to neutral processes, but rather to niche processes where biotic interaction dynamics structure the communities. Key-words: metacommunity, ecological modelling, population dynamics, benthic invertebrates, polychaetes, larval dispersal, connectivity.

Key-words: metacommunity, ecological modelling, population dynamics, benthic invertebrates, polychaetes, larval dispersal, connectivity.


PhD student: Karine Nedoncelle, Thesis directory: Nadine Le BrisThesis co-director : Franck Lartaud
Thesis defended the 8th november 2013
  • The chemosynthetic bivalves Bathymodiolus thermophilus and B. Azoricus are engineer species living in contrasted hydrothermal vents located on the East-Pacific and Mid-Atlantic Ridges. The response of these model species to the variability of their environment was investigated by using various aspects of marine ecogeochemistry. For this, the combined use of in situ chemical shell labeling with high-resolution sclerochronological analysis allowed to establish a temporal framework in the rhythmicity of B. Thermophilus and B. Azoricus growth rate. The presence of tidal cycles in their shell increment width formation compared to the in situ measurements of abiotic parameters reveal that both species are sensitive to changes in physico-chemical conditions, with higher growth rate when environment is unstable. This relationship is particularly relevant at the micro-habitat scale. Isotopic data highlight also an important variability at the spatial micro-scale in the use of energetic resources for B. Azoricus with a major δ13Cshell fractionation when sulfoxydation is dominant compared to methanotrophy. This interdisciplinary approach is particularly relevant in a context where the exploration of hydrothermal areas in the aim of exploitation is constantly expanding.