Le LECOB forme des docteurs en écologie marine dans un cadre interdisciplinaire alliant la biologie marine à l'océanographie physique et la biogéochimie marine, la géochimie et la physico-chimie de l'environnement. Tous les doctorants du LECOB ont un contrat doctoral d'une durée de 3 ans, à l'issu d'un recrutement sélectif. Le doctorat est une expérience professionnelle à part entière, de réalisation d'un projet doctoral. Le LECOB compte cinq personnels habilités à diriger des recherches (HDR) et donc à encadrer des doctorants. Le LECOB est rattaché à l'Ecole Doctorale des Sciences de l'Environnement d'Ile de France (ED129). Les contrats doctoraux proposés par le LECOB sont issus du concours annuel de l'ED129 (mars-juin) ou ouverts au fil de l'eau sur le site du LECOB quand ils sont financés sur projets.