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Laboratoire d'Ecogéochimie des Environnements Benthiques
UMR 8222

Corentin Hochart (2019-2021)

Génétique des populations et écologie du microbiome des récifs coralliens tropicaux

 

Souvent appelés «forêts tropicales de la mer», les récifs coralliens tropicaux sont l’un des écosystèmes les plus diversifiés biologiquement de la planète. Ils abritent jusqu’à 25% de tous les poissons marins sur moins de 0,1% de la surface des océans du monde. Les récifs coralliens abritent des communautés microbiennes complexes composées de protistes, d’algues, de champignons, de bactéries, d’archées et de virus. Cependant, la plus grande partie de cette diversité reste inconnue. Ces microorganismes sont des facteurs fondamentaux du cycle biogéochimique et contribuent de manière significative à la santé de l'hôte et à l'homéostasie de l'écosystème. Cette association a permis aux récifs coralliens de coloniser de nombreux habitats dans des eaux océaniques peu nutritives et de former des structures massives. Cependant, les récifs coralliens, menacés par la pollution et le changement climatique, font face à un déclin rapide. Une façon de comprendre ces menaces consiste tout d’abord à mieux comprendre le microbiome de ces récifs. Ce à quoi des études antérieures ont apporté des débuts de réponses. Celles-ci ainsi suggèrent que des facteurs à la fois hôtes et environnementaux façonnent la composition du microbiome.

Notamment, les communautés microbiennes des coraux semblent être spécifiques à l’espèce-hôte et ce malgré les variations saisonnières de l’environnement ou la répartition géographique. On peut aussi noter que la structure du microbiome diffère également largement de celle de la colonne d’eau ou encore qu’un signal de phylosymbiose corail-microbe a été mis en évidence.

Bien que la symbiose corail-algue soit bien caractérisée, on en sait moins sur les interactions corail-procaryote. L'élucidation de ces interactions est compliquée par un certain nombre de facteurs (i) la grande diversité du microbiome, (ii) la petite fraction d'organismes cultivables et (iii) le manque d'informations sur les fonctions microbiennes ou les métabolismes.

Ainsi, les fonctions associées à la symbiose et à l'évolution de ces communautés microbiennes sont encore sous-explorées.

En conséquence, les objectifs de ma thèse seront (i) de caractériser les fonctions des microbiomes des récifs coralliens tropicaux et (ii) de décrire des schémas génétique au sein des populations bactériennes dans le but d'identifier les facteurs écologiques et évolutifs qui façonnent la relation hôte-microbe.

Les communautés microbiennes des récifs coralliens seront étudiées par métagénomique (WGS - 16S) et génomique comparatives, en se concentrant sur les coraux et algues corallines encroûtantes de différentes îles de l'océan Pacifique.

 

15/12/19

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